Il y eut plusieures attaques de L'Akatsuki un peu partout.....et puis Pein détruit complètement Konoah...tuant des milliers de personnes..... Itachi étant inconscient vu l'écroulement de son bureau lorsqu'il dormait (XD). Naruto du combattre Pein, pratiquement perdre le contrôle de Kyubi....rencontrer l'esprit de son père...le 4e Hokage....et fini par convaincre Pein de ressuciter tout le monde et blablabla.
Naruto devint donc le héros du village en reconstruction. Par la suite, ils s'entrainèrent sans relâche. Itachi avait envoyé Naruto pour apprendre à contrôler Kyubi. Ils avaient également créé l'alliance Ninja pour combatre le retour de Madara....
La grande guerre eut lieu, il y eut beaucoup de morts.... la présence d'Itachi dans cette version fut décisive à la victoire...cependant...il y perdit beaucoup de sa capacité visuelle... comme il n'avait pas décimé son clan, il n'avait pas autant utilisé son mangekyou que pendant cette guerre....
Bref, tout ce termina très bien... Le village se reconstruit peu à peu... les 5 grands pays étaient plus soudés que jamais grâce à Naruto...